Почему нельзя?
ОЧЕНЬ даже можно. У нас чуть не каждый день покупают трафареты для рисунокв на вагонке, брусе и других поверхностей с "промежутками". И каждый второй, надо сказать, выказывает такие же сомнения, что и у Вас.
Но, хочу Вам сказать, что трафарет не обязательно должен облегать все неровности. Совсем не страшно, если в щелях между досками он будет висеть над поверхностью.
Во-первых, если рисунок КРУПНЫЙ, то все будет смотреться целостным. Согласитесь, внешняя стена - не обои в комнате, никто не смотрит в упор. А с расстояния эти промежутки не будут портить картину.
Во-вторых, если уж так хочется, то можно кистью докрасить в этих промежутках.
Не забудьте, что хороший трафартеный рисунок на ВПИТЫВАЮЩИХ поверхностях получается даже если трафарет не касается поверхности - просто надо минимум краски брать. Рисованию по неровностям у нас даже отдельная серия мастер-класса посвящена:
http://www.trafaret.tv/index6.html